Ajansın çalışmalarına değer katmak ve geliştirmek için kaynakların ekonomiklik, etkililik ve verimlilik esaslarına göre yönetilip yönetilmediğini değerlendirmek ve rehberlik yapmak amacıyla gerçekleştirilen bağımsız, nesnel güvence sağlama ve danışmanlık faaliyetidir. İç denetim faaliyeti; Ajansın faaliyetlerinin amaç ve politikalara, planlara, programlara ve mevzuata uygun olarak planlanmasını ve yürütülmesini; kaynakların etkili, ekonomik ve verimli kullanılmasını; bilgilerin güvenilirliğini, bütünlüğünü ve zamanında elde edilebilirliğini sağlamayı amaçlar. Ajansın tüm işlem ve faaliyetleri iç denetim kapsamındadır. Bu denetimler risk düzeyi esas alınarak sistematik ve disiplinli bir yaklaşımla denetim standartlarıyla uyumlu olarak yapılır. İç denetim faaliyetleri, ilgili mevzuat ve kamu iç denetim standartları ve meslek ahlak kurallarına uygun olarak yürütülür, açıklık bulunmayan hallerde ise uluslararası iç denetim standartları ile etik kuralları dikkate alınır.
İç denetçi aşağıda belirtilen görev, yetki ve sorumluluklara sahiptir:
İç denetçinin görevleri
a) Nesnel risk analizlerine dayanarak Ajansın yönetim ve kontrol yapılarını değerlendirmek ve risk yönetimi ve kontrol mekanizmasının etkinliğini geliştirmek için Ajansın amaçlarının gerçekleşmesine yardımcı olmak.
b) Kaynakların etkili, ekonomik ve verimli kullanılması bakımından incelemeler yapmak ve Genel Sekretere önerilerde bulunmak.
c) Risk analizleri çerçevesinde, harcama sonrasında yasal uygunluk denetimi yapmak.
ç) Ajansın harcamalarının, finansal işlemlere ilişkin karar ve tasarruflarının ve diğer faaliyetlerinin, amaç ve politikalara, planlara ve programlara uygunluğunu izlemek, değerlendirmek ve denetlemek.
d) İç kontrol ve mali yönetim sisteminin oluşmasına katkı sunmak, işleyişini değerlendirmek ve bu konularda Genel Sekreter ile Yönetim Kuruluna önerilerde bulunmak.
e) Denetim sırasında veya denetim sonuçlarına göre suç teşkil eden hususlar ile soruşturma açılmasını gerektirecek bir duruma rastlandığında, adli makamlara ve İç İşleri Bakanlığına iletilmek üzere Genel Sekretere ve Yönetim Kuruluna bildirmek ve Kalkınma Bakanlığını konu hakkında bilgilendirmek.
İç denetçinin yetkileri
a) Elektronik ortamdakiler dahil her türlü bilgi, belge, kayıt ve dokümanla nakit, kıymetli evrak ve diğer varlıkların ibrazını istemek.
b) Gerektiğinde uzman görüşünden yararlanmak.
c) Görevin gerektirdiği araç, gereç ve diğer imkanları kullanmak.
ç) Görevin yürütülmesini engelleyici tutum, davranış ve hareketlerde bulunanları haklarında yasal işlem yapılmak üzere Genel Sekretere bildirmek.
İç denetçinin sorumlulukları
a) Mevzuata, belirlenen denetim standartlarına ve etik kurallara uygun hareket etmek.
b) Mesleki bilgi ve becerilerini sürekli olarak geliştirmek.
c) Yetki ve ehliyetini aşan durumlarda Genel Sekreteri haberdar etmek.
ç) Verilen görevin tarafsız ve bağımsız olarak yapılmasına engel olan durumların bulunması halinde, durumu Genel Sekretere bildirmek.
d) Denetim raporlarında kanıtlara dayanmak ve değerlendirmelerinde tarafsız olmak.
e) Denetim esnasında elde ettiği bilgilerin gizliliğini korumak.